കുളത്തൂപ്പുഴയുടെ ദേശ ദേവതയായ മാമ്പഴത്തറ ഭഗവതിയെ വേണം ക്ഷേത്രത്തിൽ എത്തിയാൽ ആദ്യം തൊഴേണ്ടത്. അതിനു ശേഷം തൊട്ടടുത്തുള്ള മഹാവിഷുണുവിനെയും വണങ്ങണം. അതിന് ശേഷം കൊടിമരത്തിൻ്റെ വലത് വശത്ത് കൂടെ നാലമ്പലത്തിന് ഉള്ളിൽ പ്രവേശിക്കാം. ഇവിടെ ശ്രീകോവിലിന് ഉള്ളിൽ മൂന്ന് വിഗ്രഹങ്ങൾ ഭക്തർക്ക് കാണാൻ സാധിക്കുന്നു. ഏറ്റവും മുന്നിൽ കാണുന്നതാണ് മൂല വിഗ്രഹം. തൊട്ട് പിറകിൽ ശീവേലി ബിംബം. അതിന് പിറകിൽ അലങ്കാര ബിംബവും കാണാം. ശാസ്താവ് ഇവിടെ കിഴക്കോട്ട് ദർശനം നൽകുന്നു. ബാലനായി കുടികൊള്ളുന്ന ഭഗവാനൊപ്പം ഗർഭഗൃഹത്തിൽ ശിവന്റെ പ്രതിഷ്ഠയും ഉണ്ട്. നാലമ്പലത്തിനകത്ത് തന്നെയാണ് ഗണപതി ഭഗവാൻ കുടികൊള്ളുന്നത്. അതിന് ശേഷം നാലമ്പലത്തിന് പുറത്തിറങ്ങിയാൽ സുന്ദരയക്ഷി അമ്മയുടെ സന്നിധിയിൽ എത്താം. കണ്ണാടി നോക്കി പൊട്ടുകുത്തി നിൽകുന്ന ഈ യക്ഷിയമ്മയാണ് ബാലശാസ്താവിൻ്റെ സംരക്ഷക. ദേവി സന്നിധിയിൽ സന്താനഭാഗ്യത്തിന് വേണ്ടി ധാരാളം തൊട്ടിലുകൾ കെട്ടിയിട്ടിരിക്കുന്നു. രോഗശാന്തിക്ക് വേണ്ടി അമ്മക്ക് കരിവളയും കുങ്കുമവും ഭക്തർ നൽകുന്നു. കിഴക്കോട്ട് ദർശനമുള്ള ക്ഷേത്രത്തിന്റെ വലതു ഭാഗത്തായി ക്ഷേത്രം വക സർപ്പക്കാവ് ഉണ്ട്. അവിടെ നാഗരാജാവും നാഗരമ്മയും കുടികൊള്ളുന്നു
ഐതിഹ്യം
സഞ്ചാരപ്രിയനായിരുന്ന ഒരു ആചാര്യ ശ്രേഷ്ഠൻ കുളിക്കാനായി ആറ്റിലിറങ്ങി. ഒപ്പം ഉള്ളവർ ഭക്ഷണം പാകംചെയ്യാനായി അടുപ്പ്കല്ല് സ്ഥാപിച്ചപ്പോൾ ഒരണ്ണം എപ്പോഴും വലുതായി തന്നെ ഇരിക്കിന്നു. എത്ര മാറ്റി വെച്ചിട്ടും ശരിയാവുന്നില്ല. അങ്ങനെ അവർ ആ കല്ല് പൊട്ടിക്കുവാൻ തുടങ്ങി. ശക്തിയുള്ള ഇടിയിൽ കല്ല് എട്ടായി പിളർന്നു. ഇതിൽ നിന്നുണ്ടായ രക്തപ്രവാഹം കണ്ട് സംഘാഗംങ്ങൾ ബോധം കെട്ട് വീണു. വിവരം അറിഞ്ഞെത്തിയ ആചാര്യ ശ്രേഷ്ഠൻ ധ്യാനത്തിൽ ചിതറിത്തെറിച്ച കല്ലിലെ ദൈവസാന്നിധ്യം മനസ്സിലാക്കി. അത് പരശുരാമൻ പ്രതിഷ്ഠിച്ച സ്വയംഭൂവിഗ്രഹം ആയിരുന്നു. വിവരം അറിഞ്ഞ കൊട്ടാരക്കര രാജാവ് അമ്പലം പണിയുവാൻ വേണ്ട ധനം നൽകി. ചിതറിത്തെറിച്ച കഷ്ണങ്ങൾ പൂജ നടത്തി പ്രതിഷ്ഠിച്ചു. നാടിന്റെ ദേവനെ കണ്ടെത്തിയ കോട്ടാത്തല കുടുംബത്തിന് പ്രതിഫലമായി 150 പറനിലവും കരയും രാജാവ് നൽകി. രാജഭരണം അവസാനിച്ചപ്പോൾ തിരുവിതാംകൂർ ദേവസ്വം ബോർഡ് നിലവിൽ വന്നതോടുകൂടി ക്ഷേത്രം അവരുടെ കീഴിലായി.
മീനൂട്ട്
ക്ഷേത്ര കടവിലുള്ള മത്സ്യങ്ങളെ തിരുമക്കള്‍ എന്നാണ് പറയുന്നത്. ബ്രഹ്മ ചരിയായ ശാസ്താവിനെ സ്‌നേഹിച്ച കന്യകയോട് മത്സ്യ രൂപത്തില്‍ ആറ്റില്‍ കിടന്നു കൊള്ളാന്‍ അനുവദിച്ചു എന്നാണ് വിശ്വാസം. വര്‍ഷങ്ങള്‍ക്ക് മുമ്പ് വെള്ളപ്പൊക്കത്തില്‍ കുളത്തൂപ്പുഴയില്‍ മുഴുവന്‍ നാശ നഷ്ടങ്ങള്‍ ഉണ്ടായിട്ടും ക്ഷേത്രത്തിനോ ആറ്റില്‍ കരയിലെ മത്സ്യ കന്യക വിഗ്രഹത്തിനോ ഒന്നും സംഭവിച്ചില്ല. മനുഷ്യനോളം വലിപ്പമുള്ള മനുഷ്യരുമായി ഇണങ്ങി പോകുന്ന മീനികളെ ഇന്നും കാണാന്‍ കഴിയും. ഈ മീനുകള്‍ക്ക് അരി, കടല, മലര്‍ എന്നിവയാണ് ഭക്തജനങ്ങള്‍ നല്‍കുന്നത്. നിര്‍ഭയമായി കഴിയുന്ന മീനുകള്‍ മനുഷ്യരോട് അടുത്ത് വന്ന് തീറ്റകള്‍ സ്വീകരിക്കും എന്ന പ്രത്യേകതയും ഇവിടെയുണ്ട്. മീനുകള്‍ക്ക് ആഹാരം നല്‍കുന്നവരുടെ ത്വക്ക് രോഗങ്ങള്‍ പൂര്‍ണ്ണമായും മാറുമെന്നാണ് വിശ്വാസം. ഉത്സവത്തോടനുബന്ധിച്ച് പ്രത്യേക പൂജകളോടെ ക്ഷേത്ര മേല്‍ശാന്തി പൂജാദ്രവ്യങ്ങളായ പായസം, വെള്ളച്ചോറ് എന്നിവ മീനുകള്‍ക്ക് ഊട്ടുന്ന ചടങ്ങാണ് മീനൂട്ട്.
പ്രധാന വഴിപാടുകള്‍
മീനൂട്ട് ,പുഷ്പാഭിഷേകം, നെയ്യഭിഷേകം, നീരാജനം, രക്ത പുഷ്പാഞ്ജലി, അഷ്ടോത്തര അര്‍ച്ചന, അഷ്ട ദ്രവ്യ മഹാ ഗണപതി ഹോമം, അരവണ, അപ്പം, കുഞ്ഞുങ്ങളെ മാതാവോ പിതാവോ സോപാനത്തില്‍ കമഴ്ത്തി കിടത്തുന്ന അടിമ സമര്‍പ്പണം തുടങ്ങിയവയാണ് വഴിപാടുകള്‍.
പ്രധാനഉത്സവങ്ങള്‍
മേടവിഷു, മണ്ഡലകാലം.
എത്തിച്ചേരാൻ
തിരുവനന്തപുരത്ത് നിന്ന് നെടുമങ്ങാട് - പാലോട് - മടത്തറ വഴിയും, കൊല്ലത്തു നിന്ന് കണ്ണനല്ലൂർ- ആയൂർ- അഞ്ചൽ അല്ലെങ്കിൽ പാരിപ്പള്ളി, പള്ളിക്കൽ വഴിയോ, പത്തനംതിട്ട/അടൂർ നിന്നും പത്തനാപുരം- പുനലൂർ- അഞ്ചൽ വഴിയും, തമിഴ്നാട്ടിൽ നിന്നും ചെങ്കോട്ട, ആര്യങ്കാവ് വഴിയും ക്ഷേത്രത്തിൽ എത്തിചേരാം.