കൊടുങ്ങല്ലൂര്‍ ക്ഷേത്രം എന്ന പേരില്‍ പ്രസിദ്ധിയാര്‍ജിച്ച ഈ ക്ഷേത്രത്തിന് 1800 ലധികം വര്‍ഷത്തിന്റെ പഴക്കമുണ്ടെന്നാണ് കരുതപ്പെടുന്നത്. കൊടുങ്ങല്ലൂര്‍ ആസ്ഥാനമാക്കി കേരളം ഭരിച്ച ചേരന്‍ ചെങ്കുട്ടുവനാണ് കണ്ണകി പ്രതിഷ്ഠയുമായി ക്ഷേത്രം സ്ഥാപിച്ചതെന്നാണ് ചരിത്രം. പത്തിനിക്കടവുള്‍(ഭാര്യാദൈവം) എന്നപേരിലാണ് കണ്ണകി അറിയപ്പെട്ടിരുന്നത്.
ക്ഷേത്രത്തിലെ മുഖ്യപ്രതിഷ്ഠ ഭദ്രകാളിയാണ്. വരിക്കപ്ലാവില്‍ നിര്‍മ്മിച്ച വിഗ്രഹത്തിന്റെ ദര്‍ശനം വടക്കോട്ടാണ്‌. അഷ്ടബാഹുക്കളോടെ രൌദ്രഭാവത്തില്‍ ദാരികവധത്തിനുശേഷം പ്രദര്‍ശിപ്പിച്ച വിശ്വരൂപത്തില്‍ സങ്കല്‍പ്പിക്കുന്ന വിഗ്രഹത്തിനു ഉദ്ദേശം പീഠത്തോടുകൂടി ആറടി ഉയരമുണ്ട്. വലത്തെ കാല്‍ മടക്കി ഇടത്തേത് തൂക്കിയിട്ട രൂപത്തിലാണ്‌ ഇരിപ്പ്. തലയില്‍ കിരീടമുണ്ട്.
ഹൈന്ദവവിശ്വാസപ്രകാരം ദാരികാസുരനില്‍ നിന്ന് ലോകത്തെ രക്ഷിക്കാന്‍ പരമശിവന്റെ തൃക്കണ്ണില്‍ നിന്ന് ഭദ്രകാളി ജനിച്ചതായാണ് ഐതിഹ്യം. ദാരികനിഗ്രഹത്തിനു ശേഷവും കോപം ശമിക്കാത്ത ദേവിയുടെ കോപമടക്കാന്‍ ഭൂതഗണങ്ങള്‍ തെറിപ്പാട്ടും, ബലിയും, നൃത്തവുമായി ദേവിയുടെ കോപം ശമിപ്പിച്ചു. ദേവി സന്തുഷ്ടയാവുകയും അതിന്റെ പ്രതീകാത്മകമായ ആചാരവും അനുഷ്ടാനവുമാണ് കൊടുങ്ങല്ലൂര്‍ ഭരണി എന്നാണ് ഐതിഹ്യം.
ശ്രീകോവിലിനുള്ളില്‍ പടിഞ്ഞാറ് ദിക്കിലേക്ക് ദര്‍ശനമായിട്ടുള്ള രഹസ്യ അറയുടെ കവാടത്തിനുമുന്നില്‍ എല്ലായ്പ്പോഴും ചുവന്ന പട്ടുവിരിച്ച് മൂടപ്പെട്ടിരിക്കുകയാണ്. പടിഞ്ഞാറ് ദിക്കിലേക്ക് ദര്‍ശനമായി അഷ്ടബന്ധമിട്ട് ഉറപ്പിച്ചതും, സ്വര്‍ണ്ണ ഗോളകകൊണ്ട് പൊതിഞ്ഞതുമായ അര്‍ച്ചനാബിംബവും പ്രഭാമണ്ഡലവും പ്രതിഷ്ഠിച്ചിട്ടുണ്ട്. വടക്കു ദിക്കിലേക്ക് ദര്‍ശനമായി മറ്റൊരു അര്‍ച്ചനാബിംബവും പ്രഭാമണ്ഡലവും പ്രതിഷ്ഠിച്ചിട്ടുണ്ട്.
കേരളത്തിലെ 64 ഭദ്രകാളി ക്ഷേത്രങ്ങളുടെ മൂലക്ഷേത്രമായാണ് കൊടുങ്ങല്ലൂര്‍ ക്ഷേത്രത്തെ കരുതുന്നത്. മീന ഭരണി ഉത്സവത്തിനോടനുബന്ധിച്ചു നടക്കുന്ന കോഴിക്കല്ലു മൂടല്‍, കാവുതീണ്ടല്‍, തെറിപ്പാട്ട് എന്നിവയാണ് ഈ ക്ഷേത്രത്തിന് പ്രസിദ്ധി നേടിക്കോടുത്തത്. വസൂരിമല,തവിട്ടുമൂര്‍ത്തി എന്നീ ഉപപ്രതിഷ്ഠകള്‍ കൂടി ക്ഷേത്ര പരിസരത്തിലുണ്ട്.
ദേവി ക്ഷേത്രത്തിലേക്കുള്ള തുലാഭാരം ക്ഷേത്രപാലകന്റെ നടയിലാണ് നടത്തിവരുന്നത്. ഇവിടത്തെ പ്രത്യേക വഴിപാട് ചമയമാണ്. വൈകീട്ട് ക്ഷേത്രപാലകന്റെ ക്ഷേത്രം കുലവാഴ, കുരുത്തോല, കരിക്കിന്‍ കുല എന്നിവകൊണ്ട് അലങ്കരിക്കുകയും, ദേവി ക്ഷേത്രത്തിലെ ദീപാരാധനയ്ക്ക് ശേഷം ക്ഷേത്രപാലകന്റെ തൃപ്പടികളില്‍ 101 നാളികേരം എറിഞ്ഞ് ഉടയ്ക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. ശേഷം ക്ഷേത്രപാലകര്‍ 101 വസ്ത്രം ഉടുപ്പിക്കും. മുഖത്ത് ചന്ദനം ചാര്‍ത്തി തണ്ണീരാമൃതം നിവേദ്യം ചെയ്യും. ഇതിനെയാണ് ചമയം എന്ന് പറയുന്നത്.
ക്ഷേത്രത്തിലെ ശിവന്റെ നടയ്ക്കുള്ള മണ്ഡപത്തിന്റെ വടക്കേ അറ്റത്തായി നാലമ്പലത്തിനുള്ളില്‍ കിഴക്കോട്ട് ദര്‍ശനമായിട്ടാണ് രണ്ട് നിലയുള്ള പള്ളിമാടം. നിത്യേന വിളക്കുവയ്പ്പ് നടത്തുന്ന പള്ളിമാടത്തിലാണ് ദേവിയുടെ പള്ളിവാളും, ചിലമ്പും പ്രതിഷ്ഠിച്ചിരിക്കുന്നത്. അശ്വതി കാവുതീണ്ടലിനു നടയടച്ചതിന് ശേഷം, പിന്നീട് നട തുറക്കുന്നതുവരെ വഴിപാടുകള്‍ ഭക്തജനങ്ങള്‍ പള്ളിമാടത്തിനു മുന്നിലാണ് അര്‍പ്പിക്കാറ്.
ക്ഷേത്രത്തിലെ മുഖ്യപ്രതിഷ്ഠ ഭദ്രകാളിയാണ്. വരിക്കപ്ലാവില്‍ നിര്‍മ്മിച്ച വിഗ്രഹത്തിന്റെ ദര്‍ശനം വടക്കോട്ടാണ്‌. അഷ്ടബാഹുക്കളോടെ രൌദ്രഭാവത്തില്‍ ദാരികവധത്തിനുശേഷം പ്രദര്‍ശിപ്പിച്ച വിശ്വരൂപത്തില്‍ സങ്കല്‍പ്പിക്കുന്ന വിഗ്രഹത്തിനു ഉദ്ദേശം പീഠത്തോടുകൂടി ആറടി ഉയരമുണ്ട്. വലത്തെ കാല്‍ മടക്കി ഇടത്തേത് തൂക്കിയിട്ട രൂപത്തിലാണ്‌ ഇരിപ്പ്. തലയില്‍ കിരീടമുണ്ട്.
ഹൈന്ദവവിശ്വാസപ്രകാരം ദാരികാസുരനില്‍ നിന്ന് ലോകത്തെ രക്ഷിക്കാന്‍ പരമശിവന്റെ തൃക്കണ്ണില്‍ നിന്ന് ഭദ്രകാളി ജനിച്ചതായാണ് ഐതിഹ്യം. ദാരികനിഗ്രഹത്തിനു ശേഷവും കോപം ശമിക്കാത്ത ദേവിയുടെ കോപമടക്കാന്‍ ഭൂതഗണങ്ങള്‍ തെറിപ്പാട്ടും, ബലിയും, നൃത്തവുമായി ദേവിയുടെ കോപം ശമിപ്പിച്ചു. ദേവി സന്തുഷ്ടയാവുകയും അതിന്റെ പ്രതീകാത്മകമായ ആചാരവും അനുഷ്ടാനവുമാണ് കൊടുങ്ങല്ലൂര്‍ ഭരണി എന്നാണ് ഐതിഹ്യം.
ശ്രീകോവിലിനുള്ളില്‍ പടിഞ്ഞാറ് ദിക്കിലേക്ക് ദര്‍ശനമായിട്ടുള്ള രഹസ്യ അറയുടെ കവാടത്തിനുമുന്നില്‍ എല്ലായ്പ്പോഴും ചുവന്ന പട്ടുവിരിച്ച് മൂടപ്പെട്ടിരിക്കുകയാണ്. പടിഞ്ഞാറ് ദിക്കിലേക്ക് ദര്‍ശനമായി അഷ്ടബന്ധമിട്ട് ഉറപ്പിച്ചതും, സ്വര്‍ണ്ണ ഗോളകകൊണ്ട് പൊതിഞ്ഞതുമായ അര്‍ച്ചനാബിംബവും പ്രഭാമണ്ഡലവും പ്രതിഷ്ഠിച്ചിട്ടുണ്ട്. വടക്കു ദിക്കിലേക്ക് ദര്‍ശനമായി മറ്റൊരു അര്‍ച്ചനാബിംബവും പ്രഭാമണ്ഡലവും പ്രതിഷ്ഠിച്ചിട്ടുണ്ട്.
കേരളത്തിലെ 64 ഭദ്രകാളി ക്ഷേത്രങ്ങളുടെ മൂലക്ഷേത്രമായാണ് കൊടുങ്ങല്ലൂര്‍ ക്ഷേത്രത്തെ കരുതുന്നത്. മീന ഭരണി ഉത്സവത്തിനോടനുബന്ധിച്ചു നടക്കുന്ന കോഴിക്കല്ലു മൂടല്‍, കാവുതീണ്ടല്‍, തെറിപ്പാട്ട് എന്നിവയാണ് ഈ ക്ഷേത്രത്തിന് പ്രസിദ്ധി നേടിക്കോടുത്തത്. വസൂരിമല,തവിട്ടുമൂര്‍ത്തി എന്നീ ഉപപ്രതിഷ്ഠകള്‍ കൂടി ക്ഷേത്ര പരിസരത്തിലുണ്ട്.
ദേവി ക്ഷേത്രത്തിലേക്കുള്ള തുലാഭാരം ക്ഷേത്രപാലകന്റെ നടയിലാണ് നടത്തിവരുന്നത്. ഇവിടത്തെ പ്രത്യേക വഴിപാട് ചമയമാണ്. വൈകീട്ട് ക്ഷേത്രപാലകന്റെ ക്ഷേത്രം കുലവാഴ, കുരുത്തോല, കരിക്കിന്‍ കുല എന്നിവകൊണ്ട് അലങ്കരിക്കുകയും, ദേവി ക്ഷേത്രത്തിലെ ദീപാരാധനയ്ക്ക് ശേഷം ക്ഷേത്രപാലകന്റെ തൃപ്പടികളില്‍ 101 നാളികേരം എറിഞ്ഞ് ഉടയ്ക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. ശേഷം ക്ഷേത്രപാലകര്‍ 101 വസ്ത്രം ഉടുപ്പിക്കും. മുഖത്ത് ചന്ദനം ചാര്‍ത്തി തണ്ണീരാമൃതം നിവേദ്യം ചെയ്യും. ഇതിനെയാണ് ചമയം എന്ന് പറയുന്നത്.
ക്ഷേത്രത്തിലെ ശിവന്റെ നടയ്ക്കുള്ള മണ്ഡപത്തിന്റെ വടക്കേ അറ്റത്തായി നാലമ്പലത്തിനുള്ളില്‍ കിഴക്കോട്ട് ദര്‍ശനമായിട്ടാണ് രണ്ട് നിലയുള്ള പള്ളിമാടം. നിത്യേന വിളക്കുവയ്പ്പ് നടത്തുന്ന പള്ളിമാടത്തിലാണ് ദേവിയുടെ പള്ളിവാളും, ചിലമ്പും പ്രതിഷ്ഠിച്ചിരിക്കുന്നത്. അശ്വതി കാവുതീണ്ടലിനു നടയടച്ചതിന് ശേഷം, പിന്നീട് നട തുറക്കുന്നതുവരെ വഴിപാടുകള്‍ ഭക്തജനങ്ങള്‍ പള്ളിമാടത്തിനു മുന്നിലാണ് അര്‍പ്പിക്കാറ്.